In 1997 vond in Enschede een reeks stadsgesprekken plaats over armoede in de stad, getiteld “Rijk aan Armoede”. Naar aanleiding daarvan kwam het tot de oprichting van een Stichting Fonds Bijzondere Noden Enschede. Dit gebeurde overigens op initiatief van de Gemeente Enschede: wethouder J. Goudt gaf het Fonds ook een bescheiden financiële bruidsschat mee en zegde voor acht uur per week ondersteuning toe vanuit de toenmalige Sociale Dienst. Al vrij spoedig kon het Fondsbestuur een flink aantal hulpvragen in behandeling nemen.

Verrassenderwijs bracht de vuurwerkramp in mei 2000 een sterke daling daarvan teweeg, zó sterk concentreerden zich de aandacht en inzet van hulpverlenende instanties op de gedupeerden en op de middelen die voor hen ter beschikking kwamen. Het Fonds compenseerde de tijdelijke terugval van de hulpvraag met zelf geïnitieerde projecten ten behoeve van de doelgroep.

In 2002 trad in Enschede een nieuw College van B&W aan. De nieuwe portefeuillehouder van het Fonds, wethouder T. de Weger, wenste een duidelijker scheiding tussen Gemeente en Fonds. Het Fonds werd een normale gesubsidieerde instelling met een autonoom bestuur, dat zelf voor de ondersteuning een professionele kracht mocht aantrekken. Gratis en collegiaal onderdak hiervoor werd gevonden bij, destijds, de Stichting Welzijn Ouderen. Inmiddels huurt het FBNE een kantoorruimte in De Noordmolen.

Daarnaast stelde de Gemeente voor de hulpverlening per jaar € 25.000 beschikbaar, onder de voorwaarde dat het bestuur zich zou inspannen uit andere bronnen een gelijk bedrag te verwerven. Zo ging – na een vrij lange periode waarin het Fonds het zonder ondersteuning had moeten stellen – per 1 januari 2003 mevrouw E. Blok aan het werk als bureauhoofd van het Fonds. Nu, vijftien jaar na haar aantreden, is het aantal door het Fonds ontvangen hulpvragen ruim gestegen: van 95 in 2003 tot 493 in 2017.